草亀と類似した亀の品種が多いので、それらと交雑できる品種も多い。よく見られるのが、ハナミガメ、オウミガメ、オウミガメなどとの交雑である。他にはあまり見られない交雑種があるが、三線閉殻亀、黄額閉殻亀、アンブ閉殻亀、ノコギリ閉殻亀、四眼斑亀、ニホンイシガメなどである。これらのカメはいずれも草亀と交雑することができるが、交雑の成功率は高くないため、多くの飼育者は草亀をハナガメやキイロガメと交雑することを選択している。この2種類のカメと交雑することで、交雑の成功率だけでなく、質も向上するという。
草亀は発育して成熟すると、毎年4-8月に繁殖を開始する。繁殖前には自分で配偶者を選び、ペアリングが成功すると水の中で交尾を終える。交尾が成功すると、母カメは毎年5~8月に産卵を行う。クサガメは産卵の際、湿潤な土地や砂地を探して穴を掘ってから卵を産む。母カメは1年に3−4回、1回に5−8個の卵を産むことができる。飼育者は彼らが産んだ卵を孵化箱に入れ、孵化箱内の環境を安定させ、50−80日待てば、子ガメは孵化に成功することができる。
