草亀は交雑できる種類が多く、よく見られるのはハナガメ、四眼斑亀、黄縁閉殻亀、黄額閉殻亀、布閉殻亀、三線閉殻亀、鋸縁閉殻亀、黄喉頭擬水亀、ニホンイシガメなどである。しかし、最もよく見られるのは、これらとハナガメとの交雑である。なぜなら、ハナガメとハナガメは我が国の在来のカメであるため、両者の外形に大きな違いはなく、生活の習性も似ているため、交雑が成功する確率も高いからである。
草亀は刀背麝香亀、黄喉頭擬水亀、地図亀、真珠亀などと混養することができ、これらの亀の性格は草亀とよく似ていて、いずれも温和で、一緒に飼っていて争いになりにくい。また、これらのカメは環境に対する要求が高くなく、适応能力が高いため、草亀と一緒に飼育するのに適している。
飼育者が2匹以上のカメを一緒にして混養している場合、水質悪化のスピードが速い可能性があり、飼育者はこまめに水を入れ替え、彼らが生活できる水質を清潔に保つ必要がある。これらのカメはいずれも背中を干す習慣があり、飼育者はいくつかの日向ぼっこ台を設ける必要があり、彼らはいつでもどこでも登って日向ぼっこをすることができる。草亀は成体になると食性が偏在し、飼育者は餌を与える際に与える餌の種類に注意する必要がある。また、ソウガメは餌を奪う能力が劣るため、飼育者が単独で与えた方が良いという。
