ワニガメは水に対する要求が高くなくて、彼らを飼育する水がきれいでさわやかであれば、彼らはとてもよく生存することができます。普通に言えば、ワニガメは川の水で飼育したほうがいい。原産地では小川や川の中で生活していたので、川の水は野生の環境にもっとよく還元することができます。しかし現在は川の水が汚染されやすく、飼育者が使用する際にはまず水中の不純物をろ過しなければならない。
飼育者が川の水を入手できない場合は、水道水でもよい。使用する前に、出てきた水道水を2~3日間日光にさらす必要がある。水道水には塩素ガスが多く含まれているため、人体に大きな影響はないものの、ワニガメの通常の生活には支障があると考えられている。
条件が合えば、精製水を使って養殖することも可能です。ただし精製水も加工や消毒をしているので、使う前にもしばらく干しておきましょう。
ワニガメは深水での生活を好み、人工養殖の場合は、深水で飼育することができます。しかしワニガメの段階によって、適した水位の高さは異なる。通常、幼少期のワニガメは少し浅い水位で飼い養殖する必要がある。飼育者は水位の高さを背甲の高さに合わせるのが最善である。
大人になったら、ワニガメの水位も上げましょう。このとき水位の高さを背甲の高さの2−3倍に保てばよい。彼らは深い水の中で生存することができますが、水位の高さも深すぎてはいけません。そうしないと、むせることもできません。