硝化細菌と浄水剤は一緒に使うことができません。通常は浄水剤を使い、1日おきに硝化細菌を使う。浄水剤には一定の殺菌成分が含まれているため、一緒に使用すると硝化細菌の活性が損なわれ、硝化システムの確立に支障をきたす可能性がある。また、硝化細菌を培養するには培養液を注入するほか、電気を消して酸素を爆発させるように注意することで繁殖を加速させることができる。
1、水を浄化する：硝化細菌の主な作用は水を浄化することで、それは濁った水を清くすることはできないが、それはそれらの見えない有害物質を退治することができる。水質悪化の主な原因は有機物の分解で発生するアンモニア性窒素であり、アンモニア性窒素を硝酸塩に変換することで魚に毒を与えないようにしている。
2、有機物の分解：通常、硝化細菌は有機物の分解には関与しないか、またはその役割は微弱で、水槽内に他の従属栄養菌がいるので、彼らは優先的に有機物を分解しますが、従属栄養菌が不足している時、それも一定の助けを提供することができます。
3、微生物のバランスを調整したい：長期的な養魚は、魚の問題だけに注目することはできなくて、またシリンダー内の生態循環が壊されないことを保証しなければならなくて、硝化細菌はこれに対してバランスを調整する作用があって、安定した細菌群は水質を安定させることができて、それによって循環の正常な運行を保証することができます。
