野外に生存するひよこ亀が最も好きなのはいくつかの生き餌で、野外にいる時、彼らは主にいくつかの小魚、小エビ、カタツムリ、ミミズ、螺類、エビ類、カエル、貝類などの生き餌を捕食する。非常に飢えている場合を除いて、彼らは水生植物の根茎や野生の果実を食べる。ヒヨコガメはいずれも昼間は休み、夕暮れ時に活動を始める。いずれも水の中で捕食・摂食を行っており、摂食の際には下あごと前肢を使って食べ物をちぎってから、前肢の力を借りて、口に飲み込んでいきます。
ひよこは比較的肉類が好きですが、人工養殖の場合は動物性の飼料を多めに与えることができます。彼らが食べるのに適した動物性飼料は、ウツボ、ドジョウ、豚肉、フリーズドライの昆虫、動物の内臓、そして各種のビートルなどだ。植物性のエサを嫌うが、飼育者は栄養バランスを保つために、普段から野菜や果物などの餌を与えて抵抗力や免疫力をつけている。
また、飲み込む力は強くないので、飼育者は餌を与える前に、食べ物を小さく切って飲み込みやすいようにするとよいでしょう。
