真珠亀は水で飼うのがいい、水亀に属するので、普段は水の中で活働するのが好きで、それに加えて、水と泳ぐ能力が高いので、水で飼うのが一番です。また、野生で生息する際には、川や湖、小川、沼で活動するが、人工養殖のアコガメも、習性に応じて水中で飼育するのが望ましい。
真珠亀は水中で飼育することができますが、特殊な場合には乾燥させて飼う必要もあります。例えば病気になった時、薬の吸収をよくするために、それらを乾燥させて飼う必要があります。また、普段から日なたぼっこをする習慣があるので、飼育者はいつでも岸に登って日なたぼっこができるように日なたぼっこ台を用意しておいたほうがいいでしょう。
真珠亀は水質に対する要求がそれほど高くなく、弱酸、弱アルカリ、中性の水でも生息可能であり、飼育者は養殖の際に水質の酸性度を意図的に調節する必要がない。真珠亀は水質に対する要求は高くないが、飼育者も出たての水道水で養殖しないようにしている。出たての水道水には塩素ガスが多く含まれており、この養殖を長期間使用すると、真珠亀の健康に影響を及ぼす恐れがあるからだ。飼育者は、出たての水道水を2日間日光にさらし、水の塩素をしっかり揮発させてから使用すればよい。