真珠亀は段階によって水位の高さが異なり、幼少期の真珠亀であれば浅水で飼うのが望ましい。幼年期の真珠亀は体が小さく、体力も劣っていたため、下手に深水で養殖すると、すぐに水面に登れず、むせることや溺死する恐れがあった。
成体になってからの真珠亀は、ミズガメであることと、成体になってからは水も体力も強いため、深い水で飼うのがよいとされています。彼らは深い水中で活動することができるが、飼育者は彼らをあまり深い水中で養殖することはできず、水位の高さは背甲の高さの2倍にすればよい。
真珠亀の体型によって、適切な水位の高さは異なります。一般的に、幼少期の真珠亀は体力も泳ぎもあまり強くなく、環境への適応力も劣るとされている。飼育者は水位の高さを背甲の高さに合わせることができ、正常に換気を行うことができる。
成人になると水位の高さを相対的に上げることができる。アコガメ自体がミズガメなので、大人になってからの水の持ちはいいほうです。だから成年後の真珠亀の水位の高さは背甲の高さの2倍に制御することができて、このようにすることができて彼らを更に良く発育させて背甲、また彼らの換気に影響しないことができます。