ワニガメが野外で生活するときは、小川や湖、沼、そして川の中にいます。子ワニガメを人工飼育する場合は、自然環境に近い川の水を選ぶことができます。彼ら自身が川の水の中で生活しているので、飼育者が川の水を使って養殖することで、自然環境をよりよくシミュレートすることができ、彼らも適応しやすくなります。しかし、現在、ほとんどの河川水は多かれ少なかれ污染されており、飼育者が処理してから使用する必要がある。また、湖水も適していますが、川の水と同様に処理してから使用する必要があります。
飼育者が川や湖の水を入手できない場合は、水道水でもよい。ワニガメは水質に対する要求がそれほど高くないため、水道水を使用する前に2~3日間晒しておけば、健康に影響を及ぼすことはない。
ワニガメは段階によって適切な水位が異なりますが、幼少期のワニガメは、水位が深すぎてはいけません。泳ぎも体力も劣る上、環境への適応力が劣るため、水位が深すぎると正常な呼吸に支障をきたすからだ。成人になってから、高度を上げ、水位を背甲の高さの2~3倍に抑えることができ、できれば3倍を超えないようにしなければ、むせたり溺死したりするリスクもある。
