ヘビネックガメは深水ガメで、彼らは比較的に深い水の中で生活することを好む。しかし、幼少期には体が小さく、体力や泳ぎの能力が劣るため、飼育者は深い水で養殖することができず、むせることや溺死することがある。成体になったら、深水で養殖することができます。飼育者も定期的に高さを上げることができ、急に深水に入って不快感を覚えることを回避することができる。
ネコガメの体型や飼育段階によって、必要な水位の高さは異なる。通常、幼年期の水位は浅くなければならない。幼年期には体が小さく、水泳能力と体力が劣るため、飼育者は水位の高さと背甲の高さを一致させることができ、これにより、彼らの呼吸と活動は比較的に面的である。体の大きさが大きくなれば、水位の高さも大きくすることができる。彼らが成長して成熟すると、水位の高さは背甲の高さの2倍、最高で3倍を超えないように制御することができる。
具体的な水位が決まらない場合には、飼育者は容器内に砂利を敷いてスロープを作ることもでき、自由に活動する水位を選択することができる。しかし砂礫の中にはゴミが隠れたり細菌が繁殖しやすく、飼育者はこまめに水を交換して水質を清潔に保つ必要がある。