ハナガメはミズガメであり、セミミズガメやリクガメは泳げる能力が低いが、ハナガメは泳げる能力が高く、少し深い水中でも生存できるので、ミズガメである。野外にいるときは、池や小川、湖、流れの遅い小川などに生息している。天気が良い日には岸に登って日なたぼっこをし、暑い日には日陰の湿った場所を選んで避ける。
ハナガメはミズガメですが、定期的に日光浴をすることで、より健やかに成長することができます。飼育者は養殖の際に水陸両用の環境を作る必要があり、原生の環境をよりよくシミュレートすることができる。
上で述べたように、ハナガメはミズガメなので、少し深い水中で生活することができます。しかし幼少期のハナガメは体力が劣り、飼育する水位も深すぎてはいけない。幼少期は背甲に水位の高さが一致すればいい。大人になってからは、水位の高さを上げることができますが、水位も深すぎてはいけません。そうしないと、窒息したり死亡したりすることもあります。大人になってからのハナガメの水位の高さはだいたい40センチくらいでいいとされています。飼育者が干し台を作っていれば水位の高さをもう少し上げてもいいが、最高で50センチを超えてはならない。