フィッシュプールのフィルターは一般的に24時間開くものですが、飼育密度が高くなければ、段階的に開くこともできます。ろ過は水の流れを維持することで水質を維持し、細菌や微生物の過剰繁殖を防ぎ、魚の活働を促進して健康に役立つと考えられている。ろ過が閉鎖されると、水質だけでなく、池内の生態系バランスが崩れ、硝化細菌の生存に影響を及ぼすとともに、溶存酸素が低下する。
1、ろ過綿：ろ過綿はフィルターの中の主要なろ材で、それは一般的に第一層に置いて、物理的なろ過を担当します。ろ過綿は水の中の不純物を取り除くことができ、水をきれいにすることができます。時間が経つと詰まるので、定期的に原水で洗っておくことに注意が必要です。
2、活性炭：活性炭は主に化学ろ過を担当して、それと似たろ材がたくさんあって、例えばゼオライト、火山石、アンモニア吸着石など、それらは水中の有害イオンを吸着して、水の環境を改善することができます。しかし、このような濾材は吸着に上限があるため、一定期間ごとに交換することが多い。
3、バクテリアハウス：バクテリアハウスは一般的に硝化細菌を収容する場所で、それ自体はろ過の作用がないが、硝化細菌はアンモニア性窒素を吸収し、それを硝酸塩に転化することができ、それによって水環境を改善し、魚が毒を受けないようにする。
