濾材を水槽の底に置いてもいいですが、おすすめできません。水槽内に多量の濾材があると観賞性に大きく影響することもあるが、水槽内の水の流動性が限られているために濾過効率が低下し、カートリッジに入れた場合の水質維持効果に劣るためである。注意したいのは、フィルター内の濾材の配置には順序があり、水流は物理濾過、化学濾過、生物濾過を経た後、ポンプでシリンダー内に戻る。
1、物理ろ過：物理ろ過はろ過の最初のステップであり、その役割は水の中の不純物と汚物を残すことであり、通常選択のろ材は繊維綿であり、第1層のろ材箱に置くこともでき、排水口に靴下をかぶることができ、これは同様の効果を発揮することができて、しかも洗浄もとても便利です。
2、化学ろ過：化学ろ過は一般的に物理ろ過の後、主なろ材は活性炭、アンモニア吸着石、ゼオライトおよび清水樹脂などであり、水中の有害物質を吸収するが、吸着効果は限定的であり、通常は3カ月に1回交換する。
3、生物ろ過：生物ろ過はろ過設備の中で最後に置かれたもので、一般的に生物化学綿、生物化学球、磁器環などを含む。これらの濾材の主な役割は、水質の維持に大いに役立つ硝化細菌の培養であり、そのためにも必要不可欠である。
