マスカガメが冬眠した方がいいか不眠した方がいいかは生育段階によるが、生まれて間もないマスカガメであれば、不眠にした方がいい。体質が悪い上に病害に強くなく、冬眠中に病気になったり死んだりしやすいため、冬眠しないほうがいい。
すでに生まれて数年が経過しているジャコウガメなら、冬眠したほうがいいでしょう。冬眠は彼らを休息させるだけでなく、彼らの性腺の発育を促進するからだ。ジャコウガメは冬眠すると性ホルモンの分泌が多くなり、より早く成熟するため、生後数年後のジャコウガメは正常に冬眠に入るのが望ましいという。
野生のジャコウガメは気温が10℃を下回ると水底の泥の中にもぐりこんで冬眠に入るが、人工飼育では原生の環境をシミュレートできず、冬眠に入る際には専用のマット材を用意することができる。専用のクッション材がない場合は、布で代用できます。彼らが冬眠に入った後、飼育者は水位を下げる必要があり、あまり深い水で飼育することはできず、水位の高さは2~3センチでよい。冬眠できるように湿気のある環境を整えなければなりません。
ジャコウガメは冬眠に入ってからそれほど長くはなく、気温が10℃を超えると冬眠を終えます。一般的には年に2~3週間しか冬眠しないが、長いものでも1カ月を超えることはない。