コガメは深水で飼うことができるが、コガメの原産地は北アメリカの河川や湖であり、野外にいるときも水流の底や深い水域に生息しているからである。だから人工養殖の場合も、深い水の中に置いて生活することができる。ただ、生まれたばかりの頃は、そのまま深い水の中に置いておくことはできません。生まれたばかりで、泳ぎが悪く体力も劣る上、手足が短く泳げる能力もないからだ。そのまま深い水の中で養殖すると、むせることや溺死する可能性が高いため、飼育者は浅い水で子ガメを飼育したほうがいいという。
コガメは深水ガメであることはすでに述べたが、飼育水位は、体の大きさに応じて決定する必要がある。幼生のコクガメの場合は深水で飼育せず、水位の高さを背甲より2~3センチ高く抑えることで換気に支障が出ないようにすることが望ましい。体の成長に合わせて水位の高さも調整できる。成体になれば、深層水で飼育することができるが、水位もあまり高くする必要はなく、背甲の高さの2~3倍に制御すればよい。また、飼育者は彼らが休憩したり日なたぼっこをする場所ができるように、干し台を作る必要があります。