仏鰐亀は深水で飼うのがいい。野生で生きている時は深水で生活しているので、一種の深水亀でもあるので、人工養殖の時は深水で飼うのがいい。深い水で飼育すると背甲が高くなり、見栄えがよくなるからだ。浅い水で飼育すると活動するスペースが狭く、体が肥大化する恐れがある。幼生のブタワニガメの場合は、深い水は換気の速度に影響するため、浅い水で飼育したほうがいい。
ブタワニガメは深い水で飼えますが、水位の高さもコントロールして、あまり深い水で飼う必要はありません。そうでないと、水を入れ替えるのが面倒なだけでなく、換気の途中で体力を消耗し、むせることや溺死することもあります。
仏鰐亀の水位は高すぎても浅すぎてもいけない。飼育者は水位を背甲の高さの1-3倍に保つことができ、これは彼らの成長発育に有利なだけでなく、彼らの健康を損ねることもない。
具体的な水位は、体の大きさにもよりますが、一般的な幼年の仏鰐亀の水位の高さは背甲より上か、ちょうど背甲を越えていないが、体の大きさが大きくなるにつれて、水位の高さも徐々に増加していきます。彼らが成人すると、水位の高さは背甲の高さの2~3倍になるだろう。