水槽の水垢を取る最も直接的な方法は、歯磨き粉で磨くことです。軟らかい生地を探して、その上に歯磨き粉を塗って、水のしみがついているところにつけて、軽くこすると、その上の水のしみを拭き取ることができます。注意点は、こする前に魚をすくい、驚かせないようにすることです。
酸・アルカリ中和も水槽の水垢を除去するための古い方法である。大部分の水槽の水垢はアルカリ性なので、それらは主に水道水に由来して、水道水の中にいくつかのアルカリ性物質を含んで、酸性の物質と結合することによって、例えば白酢、クエン酸など、それを除去することができますが、除去する時に最も注意して、薬物の残留を防ぐためです。
いくつかの道具を養う魚も水の染みを掃除する作用を果たすことができて、例えば各種の異型魚、それらは幼魚の時期にすべてかめの壁に貼って、上のものを食べて、それによって掃除の効果を達成することができます。水槽で別の魚を飼っている場合、ヘテロ型の魚を混養するのは最善の選択ではない可能性があるので注意が必要だ。
水垢の発生の主な原因はやはり水の硬度が高すぎて不純物が多いことであるが、軟水樹脂を用いることで水の硬度を低下させることができ、水垢の発生を防止する効果がある。ただし、軟水樹脂は時間が経つごとに新しいものと交換しなければ飽和状態になったら使い物にならない。