草亀は精製水で養うことができます。精製水はきれいで污染されにくいので、草亀を飼うのに適しているからだ。また、クサガメは水質にもそれほどこだわっておらず、水がきれいで清らかであれば正常に成長するとされている。しかし、ほとんどの純水では何度もろ過と消毒が行われている。中の化学物質は人体に大きな影響はないが、クサガメの日常的な発育に大きな影響を与えるため、飼育者は使用前に精製水を出して2−3日間日光にさらす必要がある。精製水は比較的きれいだが、草亀に必要な微量元素も不足しており、精製水で飼育するにはコストがかかるため、長期間使用しない方が良いという。
草亀は川の水、井戸水、水道水などで飼うこともできますが、特に川の水は草亀を飼うのに适しています。草亀は野外にいる時は川の水の中で生活しているので、川の水を使って飼育することでより野外の環境に還元することができるからです。しかし現在はほとんどの川の水が汚染されやすく、飼育者は使用する前にきれいにろ過する必要がある。
比較的入手しやすいのが水道水ですが、水道水には塩素ガスが多く含まれています。飼育者も使用前に数日間、日光にさらす必要がある。また、井戸水は汚染されにくいが、汲みたてのものは比較的温度が低く、飼育者もしばらく干してから使う必要がある。
