1メートル2水槽魚のフンを掃除するのは簡単で、管を1本用意して、それを水替えの際にサイフォン法で排出するだけです。注意したいのは、魚のフンはよほど多くない限り、わざわざ掃除をしなくてもいいということです。これをシリンダー内の微生物が分解し、発生したアンモニア性窒素が硝化系の確立を促進する。しかし、魚のフンの量が多いと警戒してしまい、下手をするとシリンダー内の循環が壊れてしまうこともある。
1、密度が大きすぎる：なぜ魚の糞が多いのは、飼育の密度が大きすぎるためで、飼っている魚が多い排泄物が多いことができます。通常、水1リットルで1センチの魚を飼うことができますが、その割合からどれくらいの上限で養魚できるかを計算し、その範囲内に収まっていれば問題はありません。
2、餌やりすぎ：魚の数が多いことに加えて、普段から餌やり量が多いことも、魚の糞を多くしてしまう。日常的な飼育では、1日に2回から3回の餌やりが可能で、毎回の餌やりは魚が短時間で食べ終わるようにし、できるだけ残餌を残さないようにしなければならないが、これは糞便と同様に水質に害がある。
3、ろ過が弱すぎる：もし水槽のろ過効果が力を与えなければ、魚の糞も比較的に多くて、よくろ過してそれを吸引して分解することができて、同時にまた専門の硝化細菌による更なる転化を行うことができます。ろ過を強化するには、硝化細菌を培養し、硝化システムを構築することに注意する必要がある。
