ニシキゴイの口が腐って肉が腐ってしまう原因はいろいろありますが、まず口が腐ってしまう原因の多くは外傷や細菌感染によるもので、外傷の多くはかめにぶつかったときのケガや漁獲・輸送の途中でのケガで、この場合は一般的に比較的治療しやすいとされています。次に細菌感染ですが、細菌感染した腐った口によってニシキゴイの口の周りの細胞が壊死したり、白く変色したりしますので、治療を怠ると徐々に赤く腫れたり、ただれたりすることがあります。
次に腐った肉ですが、腐った肉の原因はいろいろありますが、外傷だったり、赤皮病だったり、印刷病だったりします。病因によって、表現も異なる。外傷は主に傷口の炎症による腐敗であり、赤皮病はヘリオピューロバクテリウムの感染によるものであり、印刷病は点状エロモナス菌点状亜種によるものである。
ニシキゴイの腐った口が外傷によるものであれば、飼育者は傷ついた口の周りに粗塩を塗るだけでよい。普段から周囲を静かにし、安静にしていればいい。細菌感染による腐った口の場合は、黄粉やテラマイシンを使って病気の魚を薬浴する必要がある。治療期間中は24時間酸素注射をし、毎日新しい水と交換しなければならない。
ニシキゴイの腐った身赤皮病の場合は、水槽内に粗塩を入れて、殺菌消毒します。外傷が原因の場合は、ヨードボルトで傷口を掃除した後、過マンガン酸カリウムの薬浴を使用する。印刷病の場合、一般的には完治は難しいが、飼育者は周囲の環境の安定を保証し、傷口をきれいにし、彼らが自力で回復するのを待てばよい。