草亀は4~5日ごとに水を入れればよい。彼らは水質に対する要求があまり厳しくなく、肝っ玉も小さく、急激な水質変化の環境に適応することができない。そのため、水の交換頻度を高くしすぎてはいけません。季節によって、水の入れ替えの頻度は異なります。冬の間、草亀は冬眠に入るので、水をこまめに取り替えず、月に2回ほど取り替えてもよい。夏になると、水の中に細菌や蚊が大量に繁殖するので、週に2~3回水を交換する必要があります。
草亀の水を交換する時、毎回の水の交換量が多すぎないようにして、一般的に総水の三分の一ぐらいを交換すればいい。交換する水は、あらかじめ眠らせておいた水、つまりさらしたり干したりした水を使う。これにより、水中の塩素含有量を効果的に低減することができる。もしソウガメが塩素含有量の高い水に長期間生息していたら、腎不全で死んでいた可能性が高い。
水を入れ替えるときは、まずクサガメを水槽から取り出し、甲羅の表面の汚れを軟毛ブラシでこすって落とす。甲羅には極めて細菌が繁殖しやすく、定期的に掃除しないと病気になる確率が高くなるからだ。同時に、水槽の中の糞や食べ物の残りかすを掃除する必要もある。その後、古い水を抜いて新しい水を注ぎ、かめに亀を戻すだけ。