一般的にクサガメを飼育する水位は背中を通らなければよい。彼らもミズガメだが、水かきの発達が不十分なため、他のミズガメに比べて泳ぎが劣る。深い水で飼うと、泳ぎができずに空気を吸うことができずに死んでしまう。飼育水位が浅すぎると、背中が長い間空気中に置かれることになり、体の健康にも悪い。クサガメを飼育する際には、体の大きさに合わせて水位を徐々に調整し、背中を少し越えないようにしておくとよい。
草亀を飼うには井戸水や泉水を使うのがよい。現在多くの家庭でカメを飼育する場合、条件のため水道水で飼育していることが多いが、水道水には有害物質が多く、水に残留する塩素ガスや亜硝酸などの有毒物質が原因で中毒になることがある。
水道水で飼育するのであれば、水道水をエアレーションしてから、日に当ててから使うことを覚えておきましょう。一般的に泉や井戸水で草亀を飼育したほうがいい。井戸水や泉の水にはミネラルが豊富に含まれているため、これらは亀類の成長に大きなメリットがあり、ある程度まで成長を促進することができる。