草亀の水替えは全部替える必要はなく、環境の変動には特に敏感ではないが、大量に水を替えると、不快感を引き起こすこともあるので、飼育者は毎回3分の1または4分の1の水を入れ替えればよい。
草亀の水を交換する場合も、頻度はあまり高くなくてもよく、気温が低い場合は、飼育者は1週間に1回交換するようにしたほうがよい。気温が高い場合は、3~4日に1回交換するという選択肢もあります。普段から餌を与えた後に水中のふんや食べかすを片付けると、水質悪化のスピードを遅らせることができます。
草亀は水を入れ替える際、新しい水と古い水の温度差が5℃を超えないように注意が必要です。寒暖差が大きいと、ソウガメに不調が出る可能性もある。
草亀は水道水を使うのが一般的だが、使用前に飼育者は水道水を2~3日日光にさらす必要がある。水道水には塩素ガスが多く含まれており、日光を浴びることで水中の塩素ガスを取り除くことができるからだ。
飼育者も川の水を選ぶことができます。草亀は原産地の時は川の中にいるので、川の水を使うことで野外の環境をより良く還元することができます。しかし、使用する前に水の中の不純物をろ過し、川の水が汚染されないようにしなければならない。しかし川の水は入手しにくく、飼育者は自分の実情に合わせて選ぶことができる。