錦鯉と赤い鯉は同じコイ科に属しますが、錦鯉は人の手で後天的に育てられたもので、色の種類は比較的多く、よく見られるのが赤、白、黒です。赤ニシキゴイの場合は野生のコイに変異が生じて体色が赤くなるため、赤コイは赤の1色のみとなります。しかし、赤い鯉は錦鯉の原始的な品種で、今になっても、錦鯉は繁殖の過程の中でたまに全身の赤い色が現れて、しかしこの一般的な場合はすべて淘汰されて、純粋な赤いのは多色の観賞性の良いことではありません。
1、品種の違い：金魚と錦鯉は似ているが、いずれも後天的変種後に育成されたものである。しかしニシキゴイはコイの変種、金魚はフナの変種で、両者のカテゴリーは異なる。
2、外観の違い：まずしっぽ、錦鯉は通常はすべて単尾のもので、一部は双尾のものがある。しかし金魚の多くは双尾のもので、変異金魚の中には3尾や4尾のものもある。次に体長だが、錦鯉は体長50センチに達するが、金魚は20センチ程度が一般的で、個別の品種があり、例えば草金魚は最大でも30-40センチまでしか育たない。最後はヒゲですが、金魚にはヒゲがなく、しかも金魚の口は上を向いています。錦鯉は口の両側にひげがあり、しかも口が下を向いている。
