ブラジルガメの水を入れ替える頻度は成長時期に合わせて調整し、一般的に成体のガメは2~3日に1回の割合で水を入れ替えるのが望ましい。成長の段階にあるとき、毎日食べるものが多く、排泄物も非常に多いので、長期間水を交換しないと、水がひどく污染され、病気になってしまうことがあります。だからこの時は1日1回水を入れ替えて、子ガメの水質が毎日きれいで汚染のないものになるようにしたほうがいい。大人になってからは、水を入れ替える頻度は高くなくてもいいです。普通は2日か3日に1回入れればいいのです。
もしブラジル亀の水を交換するならば、それは細かい点に注意しなければならなくて、毎回水を交換するのはすべて交換しないで、彼らは水質に対してやはり比較的に敏感なので、もし一度に水をすべて交換することになると招くことができて水質が変化して、このように彼らの成長に影響することができます。日常生活では、水を替えるときはまずサイフォンで水槽の底から吸水を行い、半分か20%程度を吸い取ってから、自分で用意した水を加えておくのが一般的です。今では多くの家庭で亀を飼うのに水道水が使われている。水道水の場合、まず曝気して有害物質を取り除いてからかめかめに入れなければ、かめが病気になりやすい。