ジャコウガメは錦鯉、金魚、グッピーなどと一緒に飼うことができる。まずニシキゴイと金魚は冷水魚で、水温に対する要求は高くなく、0-32℃の水中でも生存できるが、ジャコウガメも冷水に適応でき、両者の水温に対する要求は比較的似ており、一緒に混養するのに適している。
次に、ジャコウガメは活発でよく動くので、体の小さい魚と一緒に飼うと小魚を食べやすいですが、グッピーは動きがよく、ジャコウガメに捕まりにくいので、一緒に飼うのにも向いています。
最後に、ニシキゴイや金魚、グッピーは穏やかな性格で、中層や上層の魚で、ジャコウガメは水底で活動することが多く、相手の領域に触れないので、一緒に飼うのに適しています。
ジャコウガメはカミソリ、キイロハコガメなどと混養することができます。まず体の大きさが10~15センチ程度と似ているので、一緒に飼っても大が小を欺くようなことはありません。2つ目は同じ習性で、どちらも深い水を好むので、一緒に飼うのに適しているということです。最後に、どちらも穏やかな性格なので、自分から攻撃してくるようなことはありません。
ジャコウガメと他のカメを混養する場合、飼育者は別々に餌を与えることに注意が必要である。ジャコウガメは肉食が好きで、他のカメとは習性が異なるからである。
