ワニガメは脱皮しますが、彼らの脱皮は主に体の成長が速すぎて、元の皮膚が今の体の大きさに耐えられないため、脱皮するケースが出てきます。ワニガメの脱皮は正常な現象で、子ガメの頃は1年に1度脱皮する。脱皮の時期は6~8月で、気温が高く、成長の黄金期となる。
ワニガメの抜け殻は水質を汚染しやすいため、脱皮の間に飼育者は速やかに水を交換し、水質を清潔に保つ必要がある。ワニガメは脱皮の際にも大量の栄養を必要とし、飼育者は高栄養・高タンパクの餌を多く与えたほうがよい。条件が整っていれば、脱皮時に細菌に感染しないように粗塩や他の殺菌剤を容器に入れることができます。
ワニガメの脱皮は正常な生理現象であり、意図的な治療は必要ない。しかし腐皮はかかった病気で、すぐに治療が必要なのです。ワニガメは脱皮時に体に脱皮しきれていない皮があり、脱皮が終わったところは黄色や白色で、肌のきめがはっきりと見える。腐皮の場合、患部がべとべとしたり、腐臭がしたりすることがあります。さらに腐皮は1つの部位から外に広がり、ひどい場合は肉が腐ってしまうこともあります。