錦鯉を飼育する際、水を交換することは非常に重要な問題である。これらの水を交換するには、季節やろ過設備の有無など、多くの要因が影響します。夏の時期で、かつ水槽の中にろ過設備がない場合は、2~3日に1回は水を入れ替えるのが望ましい。ろ過設備があれば、1−2週間に1回は水を入れ替えることができる。冬だと新陳代謝が緩やかになるので、このときは1~2週間に1回は水を入れ替えてあげましょう。この時点で水槽の中にろ過設備が残っているのであれば、月に1回は水を入れ替えてあげてもいいかもしれません。
錦鯉の水の交換をするとき、まず決めておきたいのは、どの水を使うかで、水道水と井戸水が最もよく使われる2種類の水です。ただし、水道水は使用前に塩素を除去しなければならない。日に当てて数日照らすこともできますし、急いでいる場合は重曹を水に入れて塩素を除去することもできます。
その後、水質を調整し、新たな水の温度とPHを調整する。一般的には温度を28℃程度に調整し、PHを7.3-7.5の間に調整することで、新しい水と古い水の差が大きくないことを保証する。あまりにも異なると、水槽内の水質に突然変異を起こし、彼らに悪影響を及ぼす。次に元の水槽の水の4分の1を抜き、同量に調整した水をゆっくりと水槽に流し込めばよい。