水槽の中の苔を除去する最も簡単な処理方法は人工的に除去することである。一般的に発見時期が早いと、苔は膜一枚で、柔らかい布で拭くだけで拭き取れます。人工的に治標不治本を取り除き,環境改善に注意しないと苔が出てしまうので注意が必要である。
三差五差の苔を取り除きたくなければ、それを食とする小魚のエビを飼うのが一番だ。魚はスカベンジャー、コケネズミ、黒糸飛狐などが選べますが、コケネズミは成長していないときだけコケを食べ、成長してからは食べないので注意が必要です。エビ類は黒殻エビがお勧めで、淡水エビも青のりを食べることが多いですが、混養する際にはリスクがあります。
薬物による藻の除去は特に良い選択ではなく、薬物は実は藻を完全に消滅することができないため、やはり再発する情況があり、しかも薬品の使用が多すぎて魚の健康にも不利である。通常選択される薬物はペントジオンで、藻類を爆発させる前に、水100リットルごとに2%濃度の溶液5 mlを加えることができ、これによって予防の役割を果たすことができ、藻類を爆発させた後に水40リットルごとに等量の薬物を加えることができる。