1、色の区別：錦鯉は人工的に育成された品種で、それらの色は比較的に多様で、赤、黄色などの色がすべてあります。コイの色はアッシュグリーンで単調なものが多く、観賞価値が低い。
2、価値の違い：錦鯉の誕生の主な目的は観賞のためで、それらの観賞の価値は比較的に強いです。コイの主な価値は食用であり、比較的身近な食材資源である。
3、産地の違い：ニシキゴイの産地は日本で、コイの産地は比較的に広く、中央アジアの様々な国と地域にそれらの姿がある。
4、生息地の違い：錦鯉は主に観賞のために誕生したので、それらは基本的に水槽と魚池の中で生活している。コイには養殖されたもののほかに、野生のものもあります。湖や川などの淡水流域に多く見られる。
錦鯉もコイ目の魚類に属しますが、それらの違いはやはり比較的に大きいので、それらを一緒に混養しないほうが問題が出ないようにします。本当に一緒に飼うなら、体の近いものを選ぶように気をつけましょう。体の差が大きすぎる魚は飼えません。
