新シリンダーの水槽は、通常は最初の月に、毎週1回硝化細菌を添加しなければならない。硝化細菌といっても、主に培養用の原料なので、水槽に注いだり、フィルターボックス内に流し込んだりして、それをオンにしてろ過すればいい。硝化細菌は好気性細菌で光に弱いため、培養期間中は電気を消して酸素を爆発させることを心がけ、硝化システムを構築することができる。
1、アンモニア濃度を下げる:硝化細菌の主要な作用は水の中のアンモニア濃度を下げることで、アンモニアは魚の水槽の中の残餌と糞便の分解後の産物で、魚に一定の毒があって、魚の水槽の中の生臭味の源でもありますが、硝化細菌はそれを吸収して亜硝酸塩に転化することができて、更に硝酸塩に転化して、それによって魚の健康に影響を及ぼすことを避けることができます。
2、有機物の分解:硝化細菌は有機物を分解することができますが、これはその主要な作用ではありませんので、効果も比較的に弱く、通常は何の作用を果たすことができなくて、シリンダー内の他の従属栄養菌の含有量が比較的に低い場合を除いて、それはやっと分解の効果を発揮することができます。
3、微生物のバランスを調整する:硝化細菌は生態循環に不可欠な部分であり、微生物のバランスを調整することができ、安定した細菌群がこれに役立ち、水質を安定させることができる。