底ろ過ろ過綿は水に浸すのではなく、乾湿分離してろ過することが望ましい。これにはろ過綿を引き上げて水面から離脱させる必要があり、これによりオーバーフローを起こしにくく、頻繁に洗浄する必要もない。ろ過綿の主な役割は物理的なろ過、つまり様々な不純物をろ過槽内に残すことで、水体をより澄んで見えるようにすることですが、不純物も定期的に掃除して、目詰まりを起こさないようにしなければなりません。
1、水質を改善する：ろ過の第一の役割は水質を改善することである。これは一般的に2つの部分に分けられ、まず物理的なろ過で、水の不純物をろ過槽に残すことができ、それによって水の体をきれいにすることができます。次は生物ろ過で、すぐに効果が出ることはできないが、水の中の目に見えないアンモニア性窒素を転化し、魚の毒を避けることができ、水質を改善する効果もある。
2、溶存酸素を高める：ろ過は溶存酸素を高めることができますが、その効果は比較的に限定されています。もし飼っている魚が多くなく、しかも大型魚でないなら、それによって魚の呼吸を保証することは全く問題ありませんが、大きい魚であれば、酸素ポンプを用意して酸素を充填したほうがいいです。
3、病気を予防する：ろ過のもう1つの利点は病気を予防することで、水が流れているため、嫌気性菌が繁殖しにくく、病気の可能性を下げることができます。もちろん、予防が100%成功するわけではなく、魚は病気になる可能性があるので、しっかりと対策をしておかなければなりません。
