金魚が水カビに感染して腐ったえらができたとき、金魚のえらは出血がひどくなりやすく、えらのえら糸が白くなり、重症になると綿のように菌糸が付着することもある。この魚病は致死率が高く、金魚が罹患していることが判明した場合、速やかな治療が必要となる。この魚病を治療するには、2ppmのマラカイトグリーン溶液を使用し、金魚に毎日30分薬浴を与え、単独で治療した金魚に酸素を供給することで回復を早めることができる。元の水槽を消毒し、15ワットの紫外線ランプを水槽に照射して水中の水カビを殺すのを助ける。
金魚のえらにはコムスポリジウムや中華ノミなどの寄生虫が寄生しており、えらが白くなることがある。この場合、金魚は鈍く、食を拒み、ひどい場合には、金魚も同様に死に至ることがある。この病気を治療するには、発見の初期に病気にかかった金魚を単独で治療する必要がある。重症でない場合は2%の塩水で金魚の患部を拭き、15分間洗浄する。ひどい場合は、水50kgにメトリホナート3gの割合で、金魚に1日15分間薬湯を与え、水温を適度に上げて酸素を入れ続けます。従来の水槽は、金魚をすくった後、3日間干して放置することで、水槽の中の寄生虫を殺す必要があった。