水槽内の緑と水をきれいにするには、まず光を減らすことです。緑の水が緑なのは、水中に大量のクロレラがいるためで、藻類の繁殖には光が欠かせないので、光を減らすことで、その過度な成長を制限することができ、水も次第に澄んでくる。
光照射に加えてアンモニア性窒素も藻類の成長を促進する原因の一つである。アンモニア性窒素は主に残餌や糞由来であり、微生物がこれを分解するとアンモニア性窒素が発生するため、給餌を控えることでアンモニア性窒素の含有量が元から減少する。それ以外にも、良好な硝化システムを構築することも同様の効果を発揮するだろう。
水の交換によって水中の藻類の数を直接減らすことができて、加えて新しい水もそれに対して一定の抑制作用があるので、何回か交換した後、水も同様に清澄になることができます。ただし、水をきれいにするために頻繁に水を変えないようにしましょう。藻類だけでなく魚にも刺激を与えます。
餌魚が水槽の中にいれば、藻の数も抑えられます。例えば、ヒメギツネ、メリーフィッシュ、ブラックマリーなどは藻を餌にして、すぐに水を澄ますことができます。しかし、飼育する前には水槽の中に気をつけて、新しい魚がいじめられたり攻撃されたりしないようにしましょう。