水槽の中に卵白虫がいる場合、まず出所を明らかにします。もし水槽の中に卵がなければ、それらはどこにも現れません。卵白虫が水槽の中に入ってくる最大の原因は餌に卵が含まれている可能性がありますので、そうならないように、必ず生き餌を消毒するか、冷凍しておいて、餌に与えるときに凍らせます。
プロテイン虫の生育には一定の条件が必要で、普段から水の交換を怠ると水質が劣化し、最も大量繁殖につながりやすいが、定期的に水を交換すれば、その数も抑えられる。通常は週に1回、1回に4分の1程度、多くても3分の1を超えないように水を交換します。
水槽の中の有機物の含有量が多いと、卵白虫も大繁殖しやすくなりますが、有機物自体の発生源は魚食なのが一般的ですので、エサを減らすことで、卵白虫の数を抑えることもできますし、普段から掃除に気をつけて、通常は水を交換する時に選んで、水槽の底の残餌などをすくい上げるようにしています。
水槽内のろ過がうまくいかないと、タンパク虫の数が増えることにもつながりますが、その場合に備えて最も簡単な方法はろ過を強化することです。一方、ろ過を強化する方法は、より出力の高い設備を交換するほか、ろ過綿を洗浄することで行うことができる。