酸素ポンプはつけっぱなしにしても燃えません。それ自体、長時間運転するように設計されているので、焼損の心配はありませんが、つけっぱなしにすると電気がかかりますし、寿命にも影響しますので、毎日一定時間つけておけばいいです。また、すべての魚が酸素ポンプを必要とするわけではなく、養殖密度が高い場合を除いて、大型の魚だけが水の溶存酸素を要求することになる。
1、日常：酸素ポンプは毎日開くことができて、できれば24時間開いて、このようにすることができて酸欠の発生を避けることができます。もったいないと思ったら、朝2時間、午後2時間と時間帯を分けて開いてもいいでしょう。夏場であれば酸素ポンプをつける時間が増えますが、温度が高いと溶存酸素が低下するため、少し多めに運転する必要があります。
2、水を養う：水を養うのは通常2つのステップに分かれており、最初のステップは水を与えて塩素を除去することで、塩素除去は干す方法が多いが、酸素を充填しても同様の効果が得られる。第2ステップは培養菌で、培養した硝化細菌は好気性細菌なので、酸素ポンプで酸素をチャージして成長・繁殖を加速させる必要がある。
3、病気：魚が病気になった後も、酸素ポンプを開く必要があり、一方で溶存酸素が増加し、新陳代謝を促進することができて、魚が有害物質を排出する。一方、魚病の治療薬の中には酸素消費が増えるものもあるので、補足したほうがいい。
