カメを飼う水の臭いは通常、水の交換がまめでないために起こるもので、水の交換がまめでないために水質が徐々に悪化し、排泄物が増えてくると臭くなることがあります。通常、カメが排泄するたびに、すぐに水を入れ替える必要があり、水をすべて入れ替えると同時に汚物をきれいにしなければならない。
カメは雑食性で、通常は肉と野菜を組み合わせて給餌しますが、肉、特に脂身を与えすぎると糞が臭くなることが多く、水が臭くなる原因にもなります。そのため、ぜひとも脂身の少ない肉を与えなければならず、ましてや煮た肉を与えてはいけない。そうしないと、健康によくありません。
は、亀のかめに浮蓮を植えることにより、臭いの大部分がアンモニアであるため、植物に吸収され、臭いがかなり少なくなるので、水の臭いを改善する効果もある。さらに水浮蓮は光合成を行い、一定の酸素を放出することで水質維持にも役立っているという。
カメを飼うには通常、水をあまり使わず、水位がちょうど亀の背を過ぎていないので、カメの呼吸を気にしなくてもよい。しかし、水が少なく水質も維持しにくいため、水位を適切に上げることで水質悪化のスピードを遅らせ、水の臭気を避けることもできる。しかし、水位は一度に入れすぎてはならず、必ず少しずつ深くしなければならず、しかも着陸する場所を提供しなければならない。