1、春夏繁殖:ミジンコは水温が適当な時に繁殖しやすく、しかも繁殖の速度が速い。特に水温が20度を上回ると、ミジンコの繁殖速度は非常に速い。まず春から夏にかけての繁殖ですが、ミジンコは一般的に春の終わりから夏の初めに繁殖して産卵を始めます。このときの繁殖は単為生殖でメスが卵を産み、このような卵を「夏卵」と言います。これらの卵は、受精しなくても孵化できるという特性を持っています。ふ化したミジンコの幼虫の多くもメスで、一定の発育を経て繁殖を続けることができる。
2、秋・冬の繁殖:ミジンコは春・夏のほかに、秋・冬の時期にも繁殖するが、秋の終わり頃に繁殖を開始し、両性生殖が行われる。ミジンコのメスがこの段階で産み落とされる卵を「冬卵」と呼びます。これらの卵は「夏卵」よりも体が大きく、殻が厚く保温作用があります。彼らは寒い冬を乗り越えた後、春に孵化する。
ミジンコは人工飼育が可能な動物で、養殖する際に適切なタイミングで繁殖させることができます。彼らが繁殖期にあるときに気をつけなければならないことは多いのですが、水の交換はその重要な問題の1つです。水質に対する要求はそれほど高くありませんが、水の交換は比較的必要であり、そうしないと水中の酸素が減少します。また、ミジンコが繁殖する際に分泌されるホルモンの一種が数を制御する働きをしているため、長期間水を交換しないとこの物質が水中に蓄積され、ミジンコの繁殖速度に影響を及ぼすことが分かった。ミジンコの繁殖期にも水を入れ替える必要があることがわかる。