金魚の消化は主に腸によって行われており、多くの人は金魚は直腸で胃がないと考えています。しかし実際には、厳密に言うと金魚には胃があります。胃は1つしかありません。金魚の胃は食道の後ろの太い部分で、金魚の胃はとても小さくて、ほとんど正常な胃が持つべき消化機能を備えていなくて、食べ物を貯蔵して、食べ物を腸に押し出す機能しかありません。また、金魚の胃と金魚の腸との間にははっきりとした境界がないことも、多くの人が金魚に胃がないと感じる理由の一つと考えられています。
金魚が不潔なものを食べた時や満腹になった時、細菌感染などはすべて胃腸の不調を引き起こすことができます。一般的に金魚が腸炎になると、よく観察すると水槽の隅に隠れて動かないのがぼんやりしていて、ときどきけいれんしたり、腹部が大きくなったり、肛門が赤く腫れたり、胴体や尾ひれが黒ずんで食べようとせず、ひどい場合には死に至ることがある。
金魚の腸炎は一般的に4月と10月に多く、発見された場合は、給餌時に腸炎霊を餌100キログラム当たり2~5錠の量を混ぜて金魚に与え、1日2回給餌して症状が完全になくなるまで投与を中止するなどの適時な治療が必要となる。
