バクテリアハウスはろ過槽の中に入れなければならなくて、普通はいくらでも入れることができて、バクテリアハウスが多ければ多いほど、培養の硝化細菌が多くなるので、このように硝化システムはもっと安定して、全体の生態循環に有利になる。注意しなければならないのは、ろ過には物理ろ過と生物ろ過があり、第1層は物理ろ過、つまりろ過綿を入れてから生物ろ過を行うことが多いが、水の流れが物理ろ過を経て不純物を除去しなければ、培養菌は影響を受けることになる。
1、洗浄消毒:バクテリアハウスを使用する前に、必ずそれを洗浄消毒して、このようにする目的はそれが悪玉菌を水槽の中に持ち込むことを防ぐことで、それによって魚の正常な成長に影響します。過マンガン酸カリウム溶液を用意し、そこにバクテリアハウスを浸し、しばらくしてから水に入れればよい。
2、細菌を入れる:養魚時間さえあれば、硝化システムは早晩確立できるが、この過程で、魚に問題が発生する可能性がある。なので早めに硝化菌を培養したい場合は、定期的に流し込むといいでしょう。通常は最初の月、毎週少しずつ足していきます。
3、消灯爆酸素:硝化細菌は好気性細菌に属して、同時にとても光を好まないので、それを培養するために、最も良いのは消灯爆酸素で、このように成長繁殖を加速することができて、硝化システムの創立に有利です。