バクテリアハウスは金魚鉢に直接入れても役に立つが、効果はよくない。通常、バクテリアハウスは濾過ビンに入れなければならないが、これは光を避けた環境であるため、硝化細菌の成長と繁殖に有利であり、良好な生態系を確立することができる。光を避けるだけでなく、好気性細菌でもあるので、培養中に酸素ポンプで酸素を入れておく必要があり、硝化システムをより早く確立することができます。
1、養水ろ過：硝化システムを確立する前に、まず水をよく養う。通常、養魚に使われるのは水道水だが、この水を干して塩素を除去してから、シリンダー内に注入する必要がある。水の清澄さを確保するためには、ろ過をオンにし、全気筒の水を2~3回ろ過させてから、菌培養を行う必要がある。
2、細菌を注入する：十分な時間さえあれば、いずれ硝化システムは確立されるが、いくつかの方法によって、この過程を加速することができる。バクテリアボックスに適量の硝化バクテリアを投入すると、水が濁り、その後清澄に戻り硝化システムが完成する。
3、定期的な補充：最初に硝化システムを構築した1ヶ月間は、毎週少しずつ補充し、構築が完了するまで待つことは、一般的には必要ありません。大規模な洗浄や濾材の交換を行わない限り、本来の硝化システムが破壊されることになるため、菌を再培養する必要がある。
