バクテリアハウスは通常は交換する必要がありません。善玉菌が生育しやすい環境を提供する役割があるため、安易に入れ替えると水域の生態系が破壊され、魚の健康に良いどころか問題を起こしやすくなるからだ。交換することになったのは、時間が経って落ち込んだこともあるが、粉化が進んでいたからだ。
1、洗浄：バクテリアハウスは使用する前に必ず洗浄を行うため、それは水と接触して、もし持っている悪玉菌がシリンダー内に入ったら、魚に極めて大きな危害をもたらします。洗浄以外にも消消毒できることが望ましく、過マンガン酸カリウムなどの消毒剤にしばらく浸すとよいでしょう。
2、配置：バクテリアハウスは直接水槽に入れることができなくて、必ず光を避けて配置して、培養した硝化バクテリアは暗い環境の中でしか大量に生長して繁殖することができます。通常はろ過槽に入れ、同時に水中に酸素を爆発させる環境は硝化システムの構築に有利である。
3、培養菌：バクテリアハウスの役割は培養菌で、一般的には培養菌用の原料を入れて、この原料は少量の硝化細菌を含んで、同時にいくつかの有机物があって、有机物が分解された後にアンモニア性窒素が発生して、このように硝化細菌はやっと作用を果たすことができます。
