水槽の糞を掃除しないと、分解後に大量のアンモニア性窒素が発生し、この物質が魚に毒を与えることがあります。アンモニア性窒素は硝化細菌によって転化できるが、硝化細菌の数は限られており、転化しても焼け石に水で、水質改善にはまったくつながらない。同時に水の富栄養化により、水槽で藻が爆発するリスクも高まり、藻が大量に繁殖すると、魚の健康にも影響を及ぼす。
1、強化ろ過：水槽内の糞便を清掃するには、最も良い方法は強化ろ過です。ろ過は二つの部分に分けて、一部は物理ろ過で、糞便をろ過槽の中に吸い込むことができて、もう一部は生物ろ過で、主に微生物がそれを分解して、発生したアンモニア性窒素は硝化細菌によって更に転化されて、このように魚に危害を与えないことができます。
2、人の手による清掃：ろ過設備の清掃効率には限界があり、糞便の数が多すぎると、人の手による清掃が必要になる。魚の水を入れ替えるたびに、底の水を抜いておくと汚れも落ちて、新しい水で割ることができます。不定期に魚をすくった後、水を抜いてから片付けることもできます。
3、清潔な魚を飼う：清潔な魚の種類はたくさんありますが、糞を掃除する魚は少なく、一般的にスカベンジャーと一部の異形魚しかありません。この種の魚は底生魚で、口が下にあり、水底の污れを吸着するが、食べることも引くこともできるため、短時間しか効かない。
