水カビ症を治療するには、まず水槽の水換えをする。普段の水替えとは違い、病気の間の水替えは基本的に1日おきにしなければなりません。水替えのたびにあまり変えてはいけません。通常は総水量の5分の1か4分の1です。このように水を取り替えることで、水質をより速く改善し、水中の真菌の含有量を下げることができる。
水かび病は一般的に温度が低い時にかかりやすく、低温は魚の抵抗力を低下させ、適切に昇温すれば回復する。通常水温は20℃以上に保つことで新陳代謝を促進し、有害物質を排出させ、回復に役立ちます。
魚に下塩を与える目的は殺菌ではなく、水体の浸透圧を変えることであり、このように真菌が水とともに魚体内に侵入し続けることを避けることができ、同時に腎臓の負担を下げることができ、魚の健康回復に有利である。通常は塩度が高すぎてはいけません。千分の三から千分の五の間に保たなければなりません。
水交換による昇温下で塩による抑制がなく、かえって重症になる場合は、薬物による治療が必要となる。通常はポビドンに浸して抗菌薬を飲んでもいいですが、薬浴の時間はあまり長くないので注意してください。通常は20~30分がいいです。