新シリンダーにとって、水体の混濁は比較的によく見られる現象であり、これは使用する濾過材がすべて新しいため、上から顆粒性の不純物と短い繊維が脱落し、これらのものは水の中に着くと混濁を引き起こす。この濁りは俗に物理的濁りと呼ばれ、魚に対する被害は比較的小さく、濾過を強化すれば、基本的に数日後にはこれらの不純物が排出され、水槽が透明になる。
を処理するには物理的混濁のほかに生物的混濁と呼ばれる混濁がある。ここでいう生物とは、実は微生物のことで、微生物が繁殖しすぎて、水が霧に包まれているような感じがします。生物性混濁の被害は極めて大きく、これらの微生物は有機物を吸収し、アンモニアを排除するため、水中のアンモニア濃度を高め、毒素を堆積させ、魚を死亡させる。これらの微生物を完全に除去するには，源から管理する必要がある。微生物が有機物を食べる以上、水の中の残餌や魚の糞をタイムリーに取り除き、濾過を強化することで、水をきれいにすることができます。
養魚は一般的に硝化システムを構築し、硝化システムの核心は硝化細菌である。この細菌は先ほどの微生物とは異なり、上記の微生物は異養型細菌で、有機物を吸収してアンモニアを放出しますが、硝化細菌は逆にアンモニアを吸収して硝酸塩に変換し、硝酸塩は水中の植物に吸収され、水中の生態循環を完成させます。硝化システムを構築するには水に硝化細菌を加える必要があり、これは好酸素性細菌なので、加えた後に電気を消して酸素を爆発させ、急速に繁殖させる必要があります。
