水槽底砂の下に汚れがあればサイホンで水槽底の汚れを吸い出すことができます。底砂も汚染されている場合は、魚をすくって水を全部排出し、底砂を出して何度も洗浄します。その後、過マンガン酸カリウムなどの溶液で消毒します。消毒してから洗います。水槽の底に戻すことができます掃除の面倒を減らすために、普段は少し飼料を与えてもいいです。
1、陶粒：陶粒はよく見られる底砂の一つで、養分はありませんが、硝化細菌をよりよく培養し、付着させることができます。一般的に小型の熱帯魚を飼う場合は、シリンダーの底に敷くのがいいです。大中型の魚も使えます。水質を保つのにも役立ちます。
2、水草泥：草がめなら水草泥が最適で、その上に水草を植えることができるので、普通のかまくらでも使えます。しかし、水草泥は時間が経つと粉化するので、この時はシリンダーをひっくり返さなければなりません。そうしないと魚に不利です。
3、熱帯雨林砂：熱帯雨林砂は南米の水族を飼う時に使う底砂で、例えばマダイ、ネズミ魚など、この砂は一般的に赤く、しかも細かいので、糞が漏れず、掃除がしやすい。
