理論的には、鶴頂赤金魚は自分で自然繁殖できます。毎年4~7月は発情期と産卵期です。環境が合えば、同じ年に何度も繁殖することができます。鶴の頂の赤い金魚が繁殖期に入ると、雄の体には極めて明らかな追星が現れ、胸鰭に小さな白い点が現れることが分かった。そのため、自分の水槽内の雌雄の魚の数を見分けることができます。ただし，この自然繁殖では受精率は高くなく，成魚に傷害を与えやすいことに注意する必要がある。
繁殖期になった時、水温を適当に上げて、水温を25℃ぐらいまで上げることができます。条件があれば、大人の雄と雌を何匹か選んで隔離して繁殖することができます。しばらく待っていると、オスがメスを追いかけているのがわかり、この時は放し飼いにしていました。繁殖が終わったら、メスを引き揚げて隔離することで、被害を受けないようにすることができます。しかし，自然繁殖の方が受精率が低く成魚に対する損傷が大きい。そのため、実際に養殖する際には、人工繁殖をお勧めします。
