リュウグウノツカイが小魚を食べたほうがいいが、小魚もドジョウもリュウグウノツカイに餌を与えることができる。なぜなら、ドジョウも小魚も生き餌に属し、しかも両者に含まれる蛋白質と脂肪も比較的に豊富なので、リュウグウノツカイに餌を与えることができるからだ。しかし小魚のほうが栄養が豊富なうえ、ドジョウは粘液を分泌しやすく、この粘液が水質を破壊して水質が悪くなる場合がある。加えて、与える量を大きくしないとリュウグウノツカイの体が黒ずんでしまうので、飼育者が主食として与えるには小魚を選んだほうがいい。
リュウグウノツカイは生き餌を食べるのが一番いい。生き餌は彼らの食欲と捕食の興味をかきたてるだけでなく、リュウグウノツカイの活働量を増やし、脂肪蓄積と消化不良の状况を減らすことができるからだ。飼育者は普段から生きた魚、生きたエビ、ドジョウ、オタマジャクシ、ミジンコ、ケジラミ、ミミズなどを多く与えることができる。これらの生き餌は栄養が豊富で消化しやすいので、腸炎などの他の病気にもならない。
しかし生き餌は寄生虫や細菌を運びやすいので、飼育者は給餌前に過マンガン酸カリウム溶液に10分程度浸漬する必要がある。これにより、生き餌についた寄生虫や細菌を効果的に殺し、リュウグウノツカイが感染する事態を回避することができる。
