グッピーは母魚だけが繁殖することができなくて、彼らの繁殖子孫は雄魚と母魚の交配を必要とすることができますので、もし母魚だけが、繁殖を行うことができません。しかしグッピーは交尾後に精子を蓄えるので、一度交尾した後は交尾せずに再び生産できるという特徴がある。卵胎生の魚で、他の魚に比べて生産時間が長い。1回の出産には3~4時間程度かかるが、飼育者は彼らが出産する際に注意して観察し、難産にならないようにしたほうがよい。グッピーは生産されてからの期間が長いものの、繁殖の頻度や繁殖量が比較的高いことから「百万魚」とも呼ばれています。
グッピーは近親繁殖ができて、それらの遺伝子は比較的に強いので、同じ巣でグッピーは再び繁殖することができます。しかし飼育者に近親交配の回数を多くさせてはいけないし、そうしないと遺伝子の退化を引き起こす場合がある。
普通の場合、飼育者の近親繁殖は3世代を超えないほうがいい。そうしないと遺伝子の退化を引き起こすだけでなく、繁殖した子孫が大きくならない可能性もある。また体質が悪くなったり、痩せたりすることもあるかもしれませんし、そのまま死に至ることもあります。