グッピーは滝フィルター、水妖精、外付け式マイクロフィルターカートリッジなど中小型のフィルターに向いている。グッピーはそれほど体が大きくなく、新陳代謝の速度も速くないため、水質汚染もそれほど深刻ではない。また、野外にいるときはなだらかな水の流れの中で暮らしていますが、人工飼育の場合も大きな水の流れは使えないため、大型のフィルターは使えません。ほとんどの飼育者が水妖精を選ぶのは、体が大きくない上にろ過能力が高く、水の流れも適度でグッピーの通常の生活に影響を与えないためだ。さらに、水の妖精は硝化細菌に生息の場を提供し、グッピーの水質をより安定させることもできる。
グッピーフィルターは常時開放するかどうかは飼育の密度によって決めるのが望ましいが、通常の飼育密度であれば、飼育者は常時開放フィルターを必要とせず、昼だけ開放し、夜は閉めることができる。水体が大きければ、飼育者が通常の水交換の頻度を確保でき、フィルターをつけなくてもよい。
飼育の密度が高すぎる場合は、常にフィルターをつけておく必要があります。密度が高いと水質污染が深刻になるため、フィルターを常時オンにすることで水質悪化の速度を遅らせることができる。フィルターを常時つけておくことで水質をきれいに保つことができるが、飼育者も定期的に水を交換し、水中に細菌が繁殖しないようにする必要がある。
