ブラジル亀爛甲を引き起こす主な原因は飼育の水質が悪すぎることで、もし水質が悪すぎると、細菌が繁殖しやすい。また、ブラジルの亀背甲が負傷した後に治療が遅れたことで、感染症になりやすく、最後に腐った甲を作ってしまうケースもある。
バシラガメの腐った甲の前段階の症状はあまりはっきりしないが、背甲に小さな白い点があるだけである。中期になると背甲が反り返り、黄色い液体の流出を伴う。腐った甲病が深刻な場合、シールドが大きく剥がれ、出血することもある。
ブラジル亀爛甲の治療は困難ではなく、飼育者はブラジル亀爛甲を発見した後、直ちにそれらをすくい上げ、陸上で乾養する必要があり、これは傷口感染の確率を減らすことができ、細菌の成長を抑制することもできる。さらにペニシリン、テラマイシン、アモキシシリンなどの抗炎症剤を与えると、細菌を効果的に殺すことができる。すでに食事がとれなくなっている場合は、これらの薬剤を水に入れて溶かし、24時間薬浴させる必要があります。その後、24時間の間隔を空けてもう一度漬け込み、2~3回繰り返すことで完治する。
治療の過程で、飼育者はこまめに水を交換し、水質を清潔に保つ必要がある。太陽の紫外線は背中甲の細菌をほとんど殺すことができ、背中甲の回復に大きな助けになるからだ。